日光溫室大棚的土壤是需要消毒的。可以用多菌靈亦或硫氰酸甲酯一比六百的比例，用噴霧的方式去除土壤中遺留的病菌。

大棚的消毒工作，要特別小心注意，首先要保證四周密封，蓋緊隔熱簾，用百分之四十五的百菌清氣霧劑亦或大棚專用熏蒸劑，從里邊到外邊進行噴霧，然后密封一天后再通風，棚戶等通風比較好以后才能進棚里。

育苗盤也是要消毒的。這個過程就比較簡單了，就是用適當的液體浸泡然后晾干就行了。

另外，棚戶平時可以根據膜下的滴灌來給溫室的農作物澆水。如此不只能夠很大地改善棚屋的環境，而且還能把濕度把控在比較合適的范疇里，這樣就能夠維持棚里的溫度，降低病菌的滋生蔓延，然后增加農作物的產量。