大棚蔬菜若施用肥料不當，不僅會導致土壤板結，引起蔬菜肥害，而且還會使蔬菜硝酸鹽、亞硝酸鹽含量超標，危害人體健康。因此在大棚蔬菜生產上，一定要慎施化肥，科學施肥。大棚蔬菜科學施肥應注意以下七個方面：
一、農家肥要腐熟：大棚蔬菜施用農家肥時要充分腐熟。因為沒有經過腐熟的農家肥存有病菌和蟲卵，給蔬菜施用后，容易使病害得到傳播。另外，如果將農家肥放到大棚里再進行腐熟，將會產生氨氣燒傷菜苗。因此，農家肥要充分腐熟后再施用。農家肥養分含量齊全、肥效持久，施用后不僅能改良菜地土壤，還可為蔬菜提供多種養分，每畝大棚施農家肥至少要達到3方以上。
二、施肥方法要科學合理：底肥最好在蔬菜定植一周前施用，并且要與土壤混合均勻。追肥可以在距離植株7-10厘米的地方溝施或者穴追，追肥后要及時蓋土、澆水，千萬不要將肥料直接撒在地面或植株上，以免肥料揮發或燒傷蔬菜秧苗。根外追肥應該在蔬菜需要肥料的高峰期及蔬菜生長后期，最好選擇在陰天或傍晚的時候進行，盡量將肥液噴到新葉及葉子背面，以利于蔬菜吸收。
三、化肥施用要適量：大棚內的肥料不容易流失，過度施用化肥，能夠引起土壤中鹽類濃度增加，導致土壤的鹽漬化。要控制氮肥，增施磷鉀肥，要禁止或限量施用的氮肥是硝態氮，如硝酸銨、硝酸鉀以及含硝態氮的復混肥。在大棚蔬菜管理上，增加通風時間，增強光照強度，可減少蔬菜硝酸鹽的含量。不宜施含氯化肥，因為氯離子能降低蔬菜中的淀粉含量，使品質變劣，而且殘留于土壤中易造成土壤板結。限量施用硫酸鎂、硫酸銨類肥料，因為硫酸根離子，不易被蔬菜吸收長期施用會殘留在土壤中，危害蔬菜生長。
四、微肥施用要適量：微量元素肥料在蔬菜上需求量雖然很小，但它在蔬菜代謝中的作用卻是很大的，能大大提升蔬菜品質。目前常用的微肥有硼、鉬、鋅、鐵肥等。微肥多做基肥施用，也可以用于拌種、浸種或根外追肥。微肥適量與過量之間的范圍比較窄，所以用量一定要準確，避免造成肥害。
五、使用植物生長調節劑要得當：植物生長調節劑（如赤霉素、乙烯利、多效唑等）如果使用合理會對蔬菜增產起到促進作用，但是每種調節劑在應用上都有一定的條件和范圍，尤其要掌握好使用的時間和濃度，不能馬虎大意，否則就不能達到蔬菜增產的效果，而且人們長久食用也會對身體健康不利。
六、大力推廣生物有機肥料：生物肥料含有微生物活化菌，它是由有機肥、無機肥、菌肥、增效劑復合而成的“四合一”肥料，實現了各種肥料的科學配方，優勢互補，效益互促，是實現大棚蔬菜平衡施肥的最佳肥料之一。
七、盡量施用蔬菜專用性肥料：在實施配方施肥的前提下，推廣蔬菜專用型水溶肥料。專用性肥料是根據不同蔬菜的需肥特點和土壤供肥狀況而研制確定的，養分更齊全，營養更科學，配方更合理，針對性更強，施用后能顯著提高大棚蔬菜產量和品質。
