傳統的水產養殖，隨著魚的排泄物積累，水體的氨氮增加，毒性逐步增大，因此需要及時換水。而在魚菜共生系統中，水產養殖的水被輸送到水培栽培系統，由細菌將水中的氨氮分解成亞硝酸鹽然后被硝化細菌分解成硝酸鹽，硝酸鹽可以直接被植物作為營養吸收利用。
魚菜共生最有吸引力的地方有三點：
第一，種植方式、全流程自證清白。因為魚菜共生系統中有魚存在，任何農藥都不能使用，稍有不慎會造成魚和有益微生物種群的死亡和系統的崩潰。
第二，魚菜共生系統脫離土壤栽培，避免了土壤的重金屬污染，因此魚菜共生系統蔬菜和水產品的重金屬殘留都遠低于傳統土壤栽培。
第三，魚菜共生系統蔬菜有特有的水生根系，如果魚菜共生農場帶著根配送的話，消費者很容易識別蔬菜的來源，避免消費者產生這顆蔬菜是不是來自批發市場的疑慮。
魚菜共生系統中，魚并不單純是養魚，蝦、蟹、貝之類的水產品也可以養殖。菜的種植是起到凈化養殖水的目的，并可以附帶一些蔬菜生產帶來的經濟效益。農作物方面，生菜、油菜、香菜、蔥、姜、蒜、西紅柿、黃瓜、茄子等葉菜和果菜都可以種植，并有不錯的產量。
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